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肝囊肿一般来说是不能自愈的，但是肝囊肿的体积可以发生变化，部分比较小的肝囊肿可以在一段时间以后出现体积缩小，甚至通过常规的检查，没有发现肝囊肿。
肝囊肿形成的原因比较多，可以分为寄生虫性以及非寄生虫性的肝囊肿。寄生虫性的肝囊肿主要为肝棘球蚴病最为常见，而非寄生虫性的肝囊肿主要为先天性的肝囊肿损伤性的因素，以及炎症性的因素等。尤其是先天性的肝囊肿，占有重要的比例。
大多数的肝囊肿持续的存在，一般是不会自愈的，但是肝囊肿的体积可以有所波动。比如这一段时间比较大，经过一段时间的复查，肝脏中的体积可能有所缩小，甚至通过常规的检测没有发现，但是肝囊肿有可能会再次出现。
所以对于肝囊肿也不要有太过于恐慌的心理，做好定期的复查，在医生的指导下，必要的时候给予相应的治疗。